あとで簡単に選択範囲を切り替えたり、クリッピングに利用したりできるようにするために、パーツごとに色分けしておくと便利です。その際に、ブラシツールや消しゴムツールを使って下塗りをしてもよいですが、線画で閉じた領域は塗りつぶしツールを使うと一気に塗りつぶすことができます。

このように閉じた領域があれば塗りつぶしツールが使えます。次に下塗り用のレイヤーを追加します。

レイヤーウインドウを開いて①+ボタンをタップして下塗り用レイヤーを追加します。その後、②追加したレイヤーをタップして選択します(作業レイヤーとする)。

下塗りレイヤーは線画より下にします。①縮小画像部を下にドラッグしてレイヤーを並べ替えます。

①ツール選択ウインドウを開いて、②塗りつぶしツールを選択します。

①丸に%のボタンをタップして塗りつぶし設定ウインドウを開きます。
まず、②リセットをタップして初期値に戻します。
塗りつぶしは、開始点の透明度または色から塗り始めて開始点の色からの色差(誤差)が一定以下の範囲を塗りつぶします。線画レイヤーを境界としたい場合は、境界で③不透明度を選択するのがよいです。また、塗りレイヤーや写真の一部を境界としたい場合は、境界でカラーを選択するとよいです。ここでは線画を境界としたいので、③不透明度をタップしてください。強さの%は、開始点の透明度からどれぐらい誤差がでたところを境界とするかの設定です。0%にすると開始点とまったく同じ透明度のところが塗りつぶされます。90%にすると、たとえば開始点の透明度が100%のとき、透明度が10%(ほぼ不透明)のところまで塗りつぶされます。強さを100%にすると開始点の透明度に関わらずレイヤー全体が塗りつぶされます。ここでは④強さは20%にします。次に参照レイヤーですが、作業レイヤー(現在のレイヤー)を選択すると作業レイヤーを参照(読み取り)して、作業レイヤーを塗りつぶします。
⑤指定レイヤーを選択した場合は、その下のレイヤー行で選択したレイヤーを参照(読み取り)して作業レイヤー(現在のレイヤー)を塗りつぶします。キャンバスを選択すると全レイヤーを結合した絵を参照(読み取り)して作業レイヤーを塗りつぶします。ここでは線画を参照して作業レイヤーを塗りたいので、⑤指定レイヤーを選択し、⑥レイヤー行のところをタップして、線画レイヤーを選択してください。

カラーウインドウから色を選択します。ここではHSBボックスの①色相サムと②彩度明度サムをドラッグして肌色を選択します。

ここでは肌の色を塗りましょう。線画で囲まれた中をタップすると、一気に塗りつぶしができます。はみ出してしまった場合や全画面塗りつぶされてしまった場合は、取り消しボタン(1手戻る)を押して戻しましょう。

上図は、カラーを変えながら塗りつぶしツールで、肌と服の色を塗ったところです。

強さを0%と20%と変えて塗った図が上図です。強さが大きいほど線画の中まで塗られているのが分かると思います。線画との隙間ができるときはできるだけ強さを高めにしてください。または拡張を増やすことですき間が減ります。
塗りつぶし設定は理解が難しいと思います。よく「塗りつぶしが不具合で使えない、全画面塗られてしまう」という声を聞きますが、今の時点で理解できない場合は、境界を「カラー」10%、参照をキャンバスにすると思った領域が塗れると思います。また簡単設定は多くの場合でうまく塗れる設定になっていますので、理解ができないうちは簡単設定をオンにして塗った方がよいでしょう。

下塗りが完成したときにレイヤーウインドウを開くとこのような形になります。①が線画レイヤー、②が下塗りレイヤーです。下塗りがしてあると、その後、簡単にその領域をクリッピングできたり、自動選択ツールで選択できるようになります。